Source:Revue des Maladies Respiratoires, Volume 35, Supplement
Author(s): J. Pinsolle, M. Duruisseaux, J. Mondet, M. Phillips Houlbracq, N. Magnat, J. Fauré, A. Chatagnon, F. De Fraipont, M. Giaj Levra, A.C. Toffart, G. Ferretti, P. Hainaut, E. Brambilla, S. Lantuejoul, D. Moro-Sibilot, A. Mcleer
IntroductionDifférents variants de fusion ont été décrits dans les réarrangements du gène ALK au sein des cancers pulmonaires non à petites cellules (CPNPC) et influeraient sur la sensibilité cellulaire au traitement par crizotinib. Le but de cette étude était de tester et d'améliorer l'efficacité du séquençage massif parallèle (NGS) à partir d'ARN basé sur des PCR multiplexes (RNA-seq) dans la détection du réarrangement et des variants de fusion ALK par rapport à l'immunohistochimie (IHC) et l'hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans des échantillons de CPNPC. Le second objectif était de mettre en évidence un lien entre la nature du variant de fusion ALK et la réponse au crizotinib.MéthodesCinquante-trois échantillons fixés au formol et inclus en paraffine ALK-positifs en FISH et/ou en IHC et 23 échantillons ALK-négatifs ont été testés par RNA-seq. Dans un 2e temps, un protocole associant le RNA-seq à une PCR ancrée multiplexe a été évalué sur 10 échantillons en échec après RNA-seq.RésultatsUn résultat concluant par RNA-seq a été obtenu dans 75 % des échantillons. Parmi les 33 cas ALK-positifs en RNA-seq, un transcrit de fusion a été identifié parmi 27 échantillons. Comparées à l'association IHC/FISH, la sensibilité et la spécificité du RNA-seq étaient respectivement de 80 et 100 %. Dans les cas ALK-positifs en IHC et en FISH, le RNA-seq a détecté un réarrangement ALK dans 100 % des cas analysables. Le RNA-seq a rendu un résultat concluant dans tous les cas équivoques et/ou borderlines en FISH et IHC. Concernant les cas discordants en IHC et FISH, le RNA-seq a été mis en échec pour 5 des 7 échantillons. Sur les 10 échantillons considérés en échec après RNA-seq testés, l'ajout d'une PCR ancrée multiplexe dans le protocole de RNA-seq a permis de détecter 3 transcrits de fusion dont un variant CLIP1(12)-ALK(20) jamais décrit auparavant. Au sein des patients traités par crizotinib, la survie sans progression médiane était plus allongée pour ceux présentant un variant 1 ou 2 d'EML4-ALK par rapport à ceux arborant un variant 3a/b (314 contre 192jours, respectivement ; p=0,1743).ConclusionLe RNA-seq est efficace pour le diagnostic des réarrangements ALK dans les CPNPC et pourrait être intégré à l'algorithme diagnostique de cette anomalie. De plus, il autorise l'identification des transcrits de fusion ALK qui pourraient constituer un marqueur pronostique chez ces patients.
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